Denizde sürüklenip giden bir yumurta Korsan Phantom tarafından yakalanır. Phantom, bu yumurtadan çıkacak olan pokémon sayesinde hayallerine kavuşacaktır fakat Phantım’un gemisindeki ajan, Pokémon Ranger Jake Walker, yumurtayı ondan çalar. Walker’ın görevi yumurtayı ait olduğu yere götürmektir. Bunu yapabilmek için Su İnsanları ile iş birliği yapar. Su İnsanları yüz yıllar önce su pokémonları ile bağlılık anlaşması yapan ve Deniz Tapınağı Samaya’yı inşa eden insanlardır. Ash ve arkadaşları susuz kaldıkları bir yolculukta Su İnsanları ile tanışırlar ve onların gösterilerini izlerler. O sırada yumurtayı tekrar almak üzere oraya gelen Phantom, yumurtayı çalmak üzereyken yumurta çatlar ve içinden Denizin Prensi denilen efsane pokémon Manaphy çıkar. Manaphy, yumurtadan çıktıktan sonra ilk gördüğü May’i annesi zanneder ve Manaphy’nin evi Samaya’ya dönüş yolculuğunda May’le olan bağı her geçen an artar. Bu uzun yolculukta Phantom, görev ve duygular, kahramanlarımızın peşini bırakmayacaktır.